Pogrzeb Jana Pawła II odbył się w piątek 8 kwietnia 2005 r. Trumnę z prostych desek z drewna cyprysowego (symbolu nieśmiertelności) ustawiono wprost na rozłożonym na bruku placu św. Piotra dywanie. Mszy świętej koncelebrowanej przez kolegium kardynalskie i patriarchów katolickich Kościołów wschodnich przewodniczył dziekan kolegium, kardynał Joseph Ratzinger (który 11 dni później został następcą zmarłego papieża). Uczestniczyło w niej na placu św. Piotra ok. 300 tysięcy wiernych oraz 200 prezydentów i premierów, a także przedstawiciele wszystkich wyznań świata, w tym duchowni islamscy i żydowscy. Wielu zgromadzonych na uroczystości ludzi miało ze sobą transparenty z włoskim napisem santo subito ("święty natychmiast"). W całym Rzymie przed ekranami rozstawionymi w wielu miejscach miasta zgromadziło się 5 mln ludzi, w tym ok. 1,5 mln Polaków.

Po zakończeniu nabożeństwa żałobnego, w asyście tylko duchownych z najbliższego otoczenia, papież został pochowany w podziemiach bazyliki św. Piotra na Watykanie, w krypcie Jana XXIII, beatyfikowanego w 2000 roku. Prosty grobowiec o głębokości 1,7 m, przykryty marmurową płytą z napisem Ioannes Paulus II 16 X 1978 – 2 IV 2005, jest spełnieniem zapisu z testamentu, który mówił o "prostym grobie w ziemi". Grobowiec Jana Pawła II znajduje się w krypcie w pobliżu miejsca, gdzie według tradycji znajduje się grobowiec św. Piotra.






Procesji z trumną przewodniczył kardynał kamerling, Eduardo Martínez Somalo. W Grotach Watykańskich trumnę złożono w drugiej, cynkowej, którą szczelnie zalutowano, a tę w trzeciej, wykonanej z drewna orzechowego. Do trumny został włożony woreczek z medalami wybitymi w czasie pontyfikatu Jana Pawła II oraz umieszczony w ołowianym pojemniku akt, który zawiera najważniejsze fakty z okresu jego pontyfikatu. Trumny zostały opatrzone watykańskimi pieczęciami. W złożeniu trumny uczestniczyli jedynie najbliżsi współpracownicy papieża, arcybiskupi Stanisław Dziwisz i Piero Marini.